Nach Art. 6 Abs. 1 der FFH-RL [Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie] müssen Bewirtschaftungspläne für FFH- und Vogelschutzgebiete (SPA) erstellt werden. In diesen Natura-2000-Managementplänen werden die aktuellen Bestände der Schutzgüter des Gebiets erfasst, ihre Erhaltungszustände bewertet und daraus Ziele und Erhaltungsmaßnahmen abgeleitet.
PAN hat seit 2003 für 23, teils kleine, teils aber bis zu 8.000 ha große FFH- bzw. Vogelschutz-Gebiete Managementpläne (z. B. Wörnitztal, Chiemseemoore, Donauauen, Salzachauen, Bodensee, Binnendünen bei Neumarkt) bearbeitet.